Dans le cadre de la première étude génomique à l’échelle continentale sur les parasites du paludisme en Afrique, des scientifiques ont découvert les caractéristiques génétiques de ces  parasites du Plasmodium falciparum qui peuplent différentes régions du continent, y compris les facteurs génétiques qui confèrent une résistance aux médicaments antipaludiques. Ces travaux ont permis de comprendre la façon dont la résistance aux médicaments émerge dans différents endroits et comment ce phénomène se propage par diverses voies à travers l’Afrique, mettant en danger les succès antérieurs dans la lutte contre le paludisme.

La recherche, publiée aujourd’hui (22 août à confirmer) dans le prestigieux Journal Science par des scientifiques africains réunis au sein du premier réseau de scientifiques africains, , qui travaillent avec des outils de la génomique pour étudier la diversité des parasites du paludisme à travers le continent et connu sous le nom « Plasmodium Diversity Network Africa » (PDNA), dirigé par le Prof. Abdoulaye Djimde, de l’Université des Sciences, des Techniques et des Technologies de Bamako (USTTB), Mali. En collaboration avec le « Wellcome Sanger Institute », les chercheurs ont étudié la diversité génétique des populations de P. falciparum qui sont endémiques dans plusieurs pays d’Afrique subsaharienne, y compris l’Éthiopie et le Ghana. Les données génomiques de surveillance aideront à suivre  de près l’émergence et la propagation de souches résistantes aux médicaments, ce qui aidera les efforts visant à éliminer le paludisme.

Le paludisme reste un problème mondial, avec l’espèce de parasite la plus mortelle, P. falciparum, répandue en Afrique subsaharienne. Entre 2000 et 2015, une campagne continue d’élimination de la maladie a vu le nombre de décès liés au paludisme dans le monde passer de 864 000 à 429 000 par année. En 2015, 92 pour cent des décès liés au paludisme dans le monde se sont produits en Afrique, dont 74 pour cent chez les enfants de moins de cinq ans. * Mais les résultats d’une nouvelle étude suggèrent que ces progrès pourraient être menacés si de nouveaux traitements ne sont pas développés.

Bien que les populations de parasites de P. falciparum en Afrique subsaharienne soient extrêmement diverses sur le plan génétique, des recherches antérieures ont suggéré que cette diversité était relativement similaire sur l’ensemble du continent. Il était  également admis que le flux de matériel génétique se faisait de l’Est du continent vers l’ouest et que la  résistance aux médicaments antipaludiques  provenait essentiellement de l’Asie du Sud- Est.

Les résultats de cette nouvelle étude indiquent toutefois que les parasites de P. falciparum sont génétiquement distincts selon la région d’Afrique où ils sont trouvés. En outre, les chercheurs ont découvert que ces populations régionales partagent du matériel génétique dans toutes les directions – y compris des gènes qui peuvent conférer une résistance aux antipaludiques, avec de nouveaux types de résistance médicamenteuse pouvant émerger  dans différentes régions d’Afrique. Les auteurs pensent que la migration humaine, y compris celle résultant du passé  colonial, a joué un rôle dans l’évolution de P. falciparum en Afrique.

Des échantillons de P. falciparum ont été prélevés dans 15 pays africains par le PDNA et leurs génomes ont été séquencés à « Wellcome Sanger Institue » dans le cadre du réseau de partage de données MalariaGEN**. Les données génétiques de ces échantillons, ainsi que d’autres données africaines qui ont déjà été générées et mise à la disposition du public par MalariaGEN, ont été analysées pour déterminer la connectivité ancestrale entre les différentes populations de parasites.

Le professeur Abdoulaye Djimdé, chef de l’unité d’épidémiologie moléculaire et de la chimio-résistance aux médicaments antipaludiques du MRTC-Parasitologie de l’USTTB, Mali et Fellow International de Institut Wellcome Sanger de Grande Bretagne a déclaré  : « Contrairement aux études précédentes, nous avons identifié des populations distinctes de P. falciparum en Afrique occidentale, centrale et orientale, ainsi qu’une population éthiopienne très divergente. Le matériel génétique provenant de toutes les régions a été partagé par toutes les populations, indiquant que le flux de gènes est multidirectionnel, par opposition à unidirectionnel d’Est en Ouest comme on le pensait précédemment. Ces informations sont cruciales pour comprendre comment la résistance aux médicaments antipaludiques se développe en Afrique. »

Les chercheurs ont noté que la population parasitaire éthiopienne est très différente de celle du reste de l’Afrique, ce qui suggère que l’origine ancestrale des parasites du paludisme a pu être influencée par la migration humaine. La population humaine en Éthiopie a également une ascendance distincte de celle d’autres pays  Africains, suggérant que le manque de colonisation du pays pourrait expliquer son statut particulier. En revanche, les parasites des anciennes colonies françaises géographiquement lointaines partagent du matériel génétique.

Les résultats ont confirmé que les populations de P. falciparum ont partagé des informations génétiques au fil du temps, en particulier des gènes associés à la résistance aux médicaments antipaludiques.

Plus inquiétant encore, de fortes signatures génétiques ont été détectées sur le chromosome 12 dans des échantillons de P. falciparum du Ghana et du Malawi, ce qui soulève la possibilité que l’évolution récente du parasite pourrait compromettre l’efficacité des combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine (CTAs). Les CTAs combinent plusieurs médicaments antipaludiques en un seul traitement pour surmonter la résistance à un ou plusieurs médicaments individuels.

Dr Alfred Amambua-Ngwa, premier auteur de l’étude, chercheur de « Wellcome International » à l’Institut Wellcome Sanger et professeur assistant à MRC Gambia,  de la  London School of Hygiene and Tropical Medicine, a déclaré : « Quels que soient les facteurs historiques affectant le flux des gènes entre les populations distinctes de P. falciparum, le flux multidirectionnel que nous avons identifié soulève la perspective d’une propagation continentale de la résistance aux combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine, qui pourrait venir de n’importe où en Afrique. La surveillance génomique, et à grande échelle, sera essentielle pour suivre l’émergence et la propagation de la résistance aux combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine. »

La mise en place du réseau PDNA est une étape importante pour continuer à suivre la propagation des souches résistantes de parasites  aux médicaments en Afrique à un moment crucial, lorsque les efforts pour éliminer la maladie stagnent et que la perspective des souches multi-résistantes aux médicaments de P. falciparum en Afrique pointe à l’horizon.

Le professeur Dominic Kwiatkowski, directeur du programme sur les parasites et les microbes au Wellcome Sanger Institute et directeur du Centre de génomique et de santé mondiale du MRC, a déclaré : « En 2013, cette équipe impressionnante de scientifiques africains a reconnu la nécessité de travailler ensemble à travers le continent pour surveiller l’évolution de ce parasite mortel du paludisme. Cela a impliqué de nombreux défis pratiques et logistiques, et l’équipe a fait un travail incroyable en rassemblant le tableau génétique le plus complet des populations de parasites de  différentes régions d’Afrique. Il prouve la faisabilité d’utiliser des technologies génomiques modernes pour surveiller la résistance aux médicaments contre le paludisme en Afrique, Il est maintenant extrêmement important de veiller à ce que le travail de ce réseau soit poursuivi et utilisé par les décideurs politiques et les organismes de santé publique pour orienter des stratégies durables de lutte contre les maladies. »

FINS

Contact :

Adama Guindo

Chargée de communication

Centre de Recherche et de Formation sur le Paludisme (MRTC-Parasito)

Bamako, Mali

Phone: 00 223 90 31 31 05

Email: adamaguindo@icermali.org

Notes aux rédacteurs en chef :

*Pour plus d’informations sur ces chiffres et sur l’état du paludisme en général, voir le Rapport mondial sur le paludisme 2016 de l’OMS https://www.who.int/malaria/media/world-malaria-report-2016/en/

**Pour en savoir plus sur le Réseau d’épidémiologie génomique du paludisme (MalariaGEN), visitez https://www.malariagen.net/about

Lien vers le papier : https://science.sciencemag.org/cgi/doi/10.1126/science.aav5427 [science.sciencemag.org]

Financement :

Ce projet a été soutenu par l’Académie africaine des sciences (AAS), « New Partnership for Africa’s Development Planning and Coordinating Agency (NEPAD Agency) » et « Wellcome ». Pour obtenir tous les renseignements sur le financement, veuillez consulter l’étude complète.

Sites Web sélectionnés :

MalariaGEN

Cette étude faisait partie du projet communautaire MalariaGEN Plasmodium falciparum. MalariaGEN est une communauté internationale de chercheurs travaillant à comprendre comment la variation génétique chez les humains, les parasites du Plasmodium et les moustiques anophèles affecte la biologie et l’épidémiologie du paludisme, et utiliser ces connaissances pour développer des moyens plus efficaces de contrôler la maladie. En savoir plus à l’adresse https://www.malariagen.net/about

A propos de « MRC Unit The Gambia à LSHTM »

L’unité « MRC Unit The Gambie à LSHTM » est l’une des deux unités de recherche installée en Afrique Sub-saharienne par le Conseil de recherche médicale du Royaume-Uni et est l’unité au plus grand investissement de LSHTM dans la recherche médicale dans un pays en voie de développement. « MRC Unit The Gambie au LSHTM » représente une concentration unique d’expertise scientifique et de plates-formes de recherche de haute qualité dans la région ouest-africaine.

La recherche menée par les chercheurs de l’unité est étayée par la combinaison d’excellentes installations de laboratoire et d’un accès facile au domaine avec des populations bien définies qui appuient fortement notre recherche, d’excellents services cliniques, des procédures éthiques rigoureuses et la capacité d’effectuer des essais cliniques conformes aux « Bonnes Pratiques Cliniques ». Notre vaste portefeuille de recherche s’étend de la recherche fondamentale à l’évaluation des interventions de lutte contre les maladies d’importance pour la santé publique en Afrique subsaharienne. https://www.mrc.gm/about-us/.

À propos de l’Université des sciences, techniques et technologies de Bamako (USTTB), Mali

L’USTTB est un Établissement Public à caractère Scientifique, Technologique et Culturel (EPSTC). L’USTTB est composée de quatre (04) structures dont la Faculté des Sciences et Techniques (FST), la Faculté de Médecine et d’Odontostomatologie (FMOS), la Faculté de Pharmacie (FAPH) et l’Institut des Sciences Appliquées (ISA). L’USTTB est membre de l’école Doctorale des Sciences et des Technologies du Mali (EDSTM) dont elle assure la tutelle administrative. Le Centre de Recherche et de Formation sur le Paludisme (MRTC) de l’USTTB est une institution de recherche africaine de renommée internationale qui est divisée en divers  unités de recherche dont  l’unité de génomique et d’épidémiologie moléculaire, le laboratoire de cellules B et le laboratoire d’immunologie cellulaire au sein du groupe d’immunologie, , l’unité d’épidémiologie moléculaire et de résistance aux médicaments, le laboratoire clinique, le groupe de la gestion et de l’analyse des données et le laboratoire de diagnostic. Au cours des 20 dernières années, le MRTC, en collaboration avec le NIH, l’Université du Maryland, l’EDCTP, Wellcome, l’Académie africaine des sciences, l’OMS et d’autres a construit une infrastructure de recherche de pointe comprenant des installations de culture parasitaire, des Insectariums, des outils informatique de stockage de données génomiques et de  bioinformatique. Il existe plusieurs  sites d’essais cliniques établis pour les essais de vaccins et des sites pour les essais de médicaments et les études épidémiologiques.

À propos du Centre de génomique et de santé mondiale du (MRC)

Le Centre de génomique et de santé mondiale du MRC, basé au « Big Data Institute » de l’Université d’Oxford, travaille à intégrer les données génétiques génomiques et démographiques aux données cliniques et épidémiologiques. Son objectif premier est de développer des méthodes innovantes pour surveiller les changements évolutifs dans les pathogènes qui causent la maladie et les vecteurs qui la transmettent. Le Centre du MRC a fourni un soutien de base au « Plasmodium Diversity Network Africa » (PDNA) depuis sa création.

L e « Wellcome Sanger Institute »

Le « Wellcome Sanger Institute » est un centre de recherche en génomique de calibre mondial. Nous menons des recherches à grande échelle qui constituent les fondements des connaissances en biologie et en médecine. Nous sommes ouverts et collaboratifs; nos données, nos résultats, nos outils et nos technologies sont partagés partout dans le monde pour faire progresser la science. Notre ambition est vaste – nous entreprenons des projets qui ne sont possibles nulle part ailleurs. Nous utilisons le pouvoir du séquençage du génome pour comprendre et exploiter l’information contenue dans l’ADN. Financé par Wellcome, nous avons la liberté et le soutien nécessaires pour repousser les limites de la génomique. Nos résultats sont utilisés pour améliorer la santé et comprendre la vie sur Terre. Pour en savoir plus à www.sanger.ac.uk ou suivez nous sur Twitter, Facebook, LinkedIn et on our Blog.

À propos de « Wellcome »

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